Die Geschichte der Pfarrei Berngau reicht bis ins 12. Jahrhundert zurück. So lässt sich die erste Weihe einer Kirche in Berngau durch Bischof Otto von Eichstätt (1182-1192) um das Jahr 1186 datieren. Ob dies ein Neubau war oder ob zuvor eine Vorgängerkirche existierte, lässt sich jedoch nicht belegen.

1315 werden die Patronatsrechte der Pfarrkirche von König Ludwig dem Bayern unter Zustimmung der sieben Kurfürsten vom Reich auf das Zisterzienserkloster Waldsassen übertragen. 1327 inkorporiert Papst Johannes XXII. die Pfarrei Berngau dem Kloster Waldsassen, sodass das Kloster von nun an Anspruch auf die Pfarrpfründe von Berngau hat und verpflichtet ist, einen Vikar für Seelsorgeaufgaben nach Berngau zu entsenden. Später erneuert Papst Bonifaz IX. die Inkorporation. 1536 verkauft Abt Gregor III. von Waldsassen die Patronatsrechte von Berngau an Kurfürst Ludwig V.

Während des Reformationszeitalters musste auch in Berngau die Bevölkerung mehrmals den Glauben wechseln. Gemäß der Redewendung "Cuius regio, eius religio" hatten die Berngauer ihren Glauben nach dem des gerade herrschenden Fürsten anzupassen, sodass immer wieder lutherische und calvinistische Prediger nach Berngau kamen. Erst im Jahr 1625 wurde Berngau wieder katholisch; als neuer Pfarrer kam damals Melchior Holl. Seit dieser Zeit werden in Berngau auch die Aufzeichnungen über Taufen, Trauungen und Sterbefälle geführt.

Während einer furchtbaren Vieh- seuche 1796 geloben die Pfarran-gehörigen eine jährliche Wallfahrt zur "Maria Hilf"-Kirche in Freystadt. Diese findet auch heute noch jedes Jahr am Hochfest "Maria, Schutzfrau Bayerns" am 1. Mai statt. Eine weitere Wallfahrt führt die Pfarrei einmal im Jahr zu "Maria, Heil der Kranken" auf den Habsberg, Schätzungen zufolge seit ca. 210 Jahren. Eine genaue Datierung und ein besonderer Grund für die Wallfahrt lassen sich jedoch nicht belegen.